근로자가 당해연도에 직장에서 받은 급여·상여금·인정상여와 각종 수당을 합계한 연간급여액에서 소득세법 및 조세특례제한법상 근로소득세가 비과세되는 급여(국외근로소득, 실비변상적인 성질의 급여 및 생산직근로자가 받은 연장근로수당, 외국인근로자의 비과세소득 등)를 차감하여 계산

 총급여액에서 근로소득공제액을 차감하여 계산(법47)

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  근로소득금액에서 인적공제, 특별공제, 연금보험료공제 및 기타소득 공제를 차감하여 계산

  인적공제에는 기본공제·추가공제·소수공제자추가공제가 있으며

- 기본공제는 본인·배우자·부양가족 1인당 100만원 공제

- 추가공제는 장애인·경로우대자·6세이하 직계비속 1인당 100만원(70세이상 경로우대자 150만원)공제 및 배우자가 없는 여성으로서 부양 가족이 있는 세대주이거나 배우자가 있는 여성근로자는 연간 50만원 공제

- 소수공제자추가공제는 기본공제자 수가 본인 포함하여 1인인 경우에는100만원, 2인인 경우에는50만원 추가공제

  특별공제는 보험료·의료비·교육비·주택자금·기부금공제·혼인장례이사비 공제가 있으며

- 보험료공제는 국민건강보험료·고용보험료 전액과 보장성보험료(100만원 한도) 및 장애인전용보장성보험료(100만원 한도)를 공제하며

- 의료비공제는 총급여액의 3% 초과 의료비를 500만원 한도로 공제.
다만, 본인·경로우대자 및 장애인을 위하여 지출한 의료비는 한도없음.

- 교육비공제는 본인은 전액, 유치원아·영유아·취학전아동은 1인당 200만원 한도, 초·중·고 학생은 1인당 200만원 한도, 대학생은 1인당 700만원 한도, 장애인특수교육비 전액공제

- 주택자금공제는 주택마련저축불입액 및 차입금원리금상환액의 40%와 장기주택저당차입금 이자상환액을 합하여 연 1000만원 한도로 공제
＊ 주택마련저축과 차입금원리금상환액의 공제는 연300만원 한도공제

- 기부금공제는 전액공제기부금은 전액 공제하고, 특례기부금은 전액공제기부금을 차감한 근로소득금액의 50%, 우리사주조합기부금은 [근로소득금액­전액공제기부금-한도내의 특례기부금]의 30%, 지정기부금은 [근로소득금액­전액공제기부금-한도내의 특례기부금-우리사주조합 기부금]의 10%이내 금액을 공제
＊ 한도액 계산기준은 총급여액이 아닌 근로소득금액임

- 혼인·장례·이사에 따른 소득공제 각 사유당 100만원 공제

- 특별공제 합계액이 60만원 미만이거나 없을 경우 60만원을 표준공제

  연금보험료공제는 국민연금법, 공무원연금법 및 사립학교교직원연금법, 별정우체국법에 의하여 근로자가 부담하는 기여금 또는 국민연금 전액을 공제.

 기타소득공제는 개인연금저축공제, 연금저축공제, 투자조합출자등공제, 신용카드공제, 우리사주출자공제가 있으며

- 개인연금저축공제는 개인연금저축불입액의 40%를 연간 72만원 한도로 공제 (2000.12.31 이전 가입자만 해당)

- 연금저축공제는 연금저축불입액을 연간 240만원한도로 공제(2001.1.1 이후 가입자만 해당)(2003.1.1부터 중도해지가산세는 2%로 축소되었다.)

- 투자조합출자등공제는 출자액·투자액의 15%를 근로소득 금액의 50% 한도에서 공제

- 신용카드 등 소득공제는 ’03.12.1~’04.11.30까지 사용한 신용카드사용액·직불카드사용액·학원비 지로납부액중 총급여액의 10% 초과하는 사용금액에 대하여 그 초과금액의20%를 공제하되, 총급여액의 20%에 해당하는 금액과 500만원 중 적은 금액을 한도로 공제

- 우리사주조합출자공제는 근로자가 우리사주조합에 출연하는 경우 당해연도 출자금액을 400만원 한도내에서 근로소득에서 공제한다.

 과세표준에 소득세법 제55조의 세율을 곱하여 산출세액을 계산

 산출세액에서 각종 세액공제 및 감면세액을 차감하여 결정세액을 계산한다.

 근로소득세액공제는 산출세액이 50만원이하인 경우 55%, 50만원 초과하는 경우 초과액의 30%를 세액공제 하되 50만원을 한도로 한다.(법59)

 납세조합공제는 납세조합이 매월 을종근로소득자로부터 원천징수하는 세액의 10%를 세액공제하며, 연말정산시에는 근로소득에 대한 종합소득산출세액의 100분의10에 상당하는 금액을 공제한다.(법150 ③)

 주택자금차입금이자세액공제는 '95.11.1∼'97.12.31까지 기간중 미분양주택 취득시 차입금에 대한 이자상환액의 30%를 세액공제 한다.

 외국납부세액공제는 국외에서 근로를 제공하고 받은 국외원천소득에 대하여 외국에서 납부하였거나 납부할 소득세액이 있는 경우에 국외원천소득금액이 총근로소득금액에서 차지하는 비율에 상당하는 세액을 외국에서 납부하였거나 납부할 세액을 한도로 공제한다.

 세액감면은 소득세법과 조세특례제한법 감면요건에 해당되는 외국인근로자가 받는 근로소득에 대하여 세액감면 한다.

 결정세액에서 매월 간이세액표에 의하여 원천징수 납부한 기납부 세액을 차감하여 차감징수(환급)세액을 계산한다.