합병시 합병회사는 잘못 합병할 경우에는 대상기업의 세금을 떠 안거나 과도한 세금으로 불이익을 초래할 수 있기 때문에 세법상의 문제는 없는지를 검토하는 것이 중요하다. 합병대상기업이 선정되면 합병회사는 실사단계에서 그 기업의 매출추세, 예상손익, 자금흐름, 자산상태 등의 중요한 재무자료 뿐만 아니라 세무상의 문제도 사전에 검토해야 한다. 합병시 세금문제는 합병내용에 따라 차이가 날 수 있으나 주요 과세대상은 합병법인, 합병회사의 주주, 피합병법인, 피합병법인의 주주 등이다.

인자수		주식매수	자신매수
법인	법인세	부당행위 계산의 부인 기부금의 손금불산입 지급이자 손금불산입	부당행위 계산의 부인 기부금의 손금불산입 지급이자 손금불산입
	지방세	과점주주의 취득세	취득세 등록세
개인	상속세	저가 매수시의 증여의제 증가 감자시의 증여의제 자금출처의 입증	저가 매수시 증여 의제 자금 출처 입증
	지방세	과점주주의 의제 취득	취득세 등록세
비거주자		합법적인 경우 내국인과 동등한 대우

구분		내용	근거
인수기업 (합병기업)	법인	합병후 최초사업년도 중간예납	법인세법30조 1
		합병차익세무	법인세법 10조 ① 3호
		합병차손세무	법인세법 기본통칙 2-10-38
		피합병볍인 세무조정사항 승계	증자소득공제 등
		승계고정자산 감가상각 비계산	법기통2-10-10
		피합병법인의 납세의무 승계	법인세법시행령 120조
		합병법인의 공고	법인세법 기본통칙8-3-4
		특별부가세	법인세법 기본통칙7-2-5
		취득세	지방세법 110조 4호
		등록세	조세감면규제법113조①2호
		금융기관의 합병에 따른 특별부가세의 감면	조세감면규제법40조의2 및 동령 37조의 2
	주주	불공정합병에 대한 증여세과세	상속 및 증여세법38조,동령 28조
		자기주식 소각이익의 자본전입	소득세법17조 ②5호 (개인주주) 법 인세법 19조 3호 (법인주주)
피인수기업 (인수대상기업)	법인	의제사업년도에 대한 법인세	법인세법6조 2
		청산소득에 대한 법인세	법인세법43조 3
		특별부가세	법인세법59조 2 ②
		연말정산	법인세법 기본통칙 2-9-15...16
		세무조정사항 처리	증자소득공제, 이월결손금 승계 등
		확정신고, 폐업신고 등	부가가치세법 기본통칙 1-2-7...3 부가치세법시행령 10조 2
	주주	의제배당소득에 대한 과세	소득세법 17조 ② 4호(개인주주) 법인세법19조 5호 (법인주주)
		불공정합병에 대한 증여세과세	상속 및 증여세법38조,동령28조

	법인세법(2004.1.29)

	법인세법시행령(2004.3.22)

	상속세및증여세법(2003.12.30)

	부가가치세법(2003.12.30)