1) 합병차익 과세

합병시 합병회사는 잘못 합병할 경우에는 대상기업의 세금을 떠 안거나 과도한 세금으로 불이익을 초래할 수 있기 때문에 세법상의 문제는 없는지를 검토하는 것이 중요하다. 합병대상기업이 선정되면 합병회사는 실사단계에서 그 기업의 매출추세, 예상손익, 자금흐름, 자산상태 등의 중요한 재무자료 뿐만 아니라 세무상의 문제도 사전에 검토해야 한다. 합병시 세금문제는 합병내용에 따라 차이가 날 수 있으나 주요 과세대상은 합병법인, 합병회사의 주주, 피합병법인, 피합병법인의 주주 등이다. 합병평가차익 = 합병법인의 자산승계금액 - 피합병법인의 자산의 장부가액

	합병평가차익

합병차익 중 합병법인이 피합병법인으로부터 자산을 시가로 평가하여 승계하는 경우 그 승계가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 금액을 합병평가차액이라고 하는데 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하는 경우에는 합병평가차액이 발생하지 않으나 평가하여 승계하는 경우에는 합병평가차액이 발생한다. 이러한 합병평가차액은 자산의 평가차익 중 피합병법인의 청산소득에 대해 과세가 이루어지지 아니한 부분의 금액이므로 합병법인에게 우선적으로 과세한다. 합병법인의 합병차익에 대한 과세문제와 피합병법인의 자산이전에 따른 양도차익 내지 평가차익에 대한 청산소득 과세문제는 서로 불가분의 관계에 있다. 즉, 합병법인이 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 평가차익부분은 합병비율에 따라 합병법인의 신주가액(액면가)이 피합병법인의 자기자본을 초과하는 경우에는 피합병법인에게 청산소득으로 과세되고, 피합병법인의 자기자본에 미달하는 경우에는 합병법인에게 합병평가차익으로 과세된다.

	합병감자차익

합병차익 중 합병법인의 주식가치가 피합병법인의 주식가치보다 높은 경우에는 피합병법인의 주주 등은 구주 1주당 합병법인의 신주를 1주 이상 교부받지 못한다. 즉, 합병비율이 1대 1에 미달하는 경우 피합병법인의 자본금 상당액만큼 그대로 합병법인의 자본금이 증가되지 아니하며, 그 비율만큼 자본금이 감소하는 것이다. 이와 같이 피합병법인의 자본금에 미달하게 합병법인의 신주 등 합병대가를 지급한 경우 그 차액이 감자차액이 된다. 합병감자차익 = 합병대가의 총합계액 (주식은 액면가액) - 피합병법인의 자본금

	피합병법인의 자본잉여금

피합병법인의 자본잉여금이 합병법인에게 그대로 승계되지 아니하고 합병차익화된 금액을 말하며 무상주를 분배하는 경우에는 의제배당으로 익금산입되지 아니하는 자본잉여금부터 순차로 계산하여 합병차익을 계산한다.

	피합병법인의 이익잉여금

피합병법인의 이익잉여금이 합병법인에게 그대로 승계되지 아니하고 합병차익화된 금액이다.

	법인세법 제42호 합병평가차익조정명세서 또는 분할평가차익조정명세서

2) 이월결손금 승계

법인이 합병하는 경우 피합병법인의 이월결손금은 합병법인으로 승계가 허용되지 않으나 일정한 요건을 충족하는 합병의 경우에는 이월결손금의 승계를 허용하고 있다.

	이월결손금 승계요건

합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하는 경우로서 다음의 요건을 갖춘 경우에는 합병등기일 현재 피합병법인의 이월결손금은 합병법인의 결손금으로 보아 그 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위안에서 각 사업연도의 과세표준에서 공제한다.

	특수관계자 외의 법인간의 합병하는 경우로서 지원대상이 되는 합병에 해당

	피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식 등이 합병법인의 합병 등기일 현재 발행주식총수 또는 출자초액의 10% 이상

	합병법인은 자산.부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 기타의 사업에 속하는 것을 가각 별개의 회계로 구분 경리 해야 함

	승계결손금의 법위 공제방법

합병법인이 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재 아래처럼 피합병법인의 결손금으로 하되, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 경과한 것으로 보아 계산한 금액으로 하고, 합병후 합병법인의 각 사업연도에 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 결손금이 발생한 경우에는 다음 사업연도 이후의 승계결손금의 법위액은 그 범위액에서 당해 결손금에 상당하는 금액을 차감한 금액으로 한다.

	합병등기일이 속하는 사업연도의 경우 합병등기일 전 5년 이내에 개시한 사업연도에 발생한 피합병 법인의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

	합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 후 개시하는 사업연도 당해사업연도의 합병등기일 해당일 전 5년 이내에 개시한 사업연도에 발생한 피합병법인의 결손금에서 당해 사업연도이 개시일 전에 승계 하여 공제한 결손금과 합병법인이 승계받은 사업에서 발생한 결손금을 차감한 금액

	사후관리

합병법인이 피합병법인의 결손금을 공제한 후 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 공제한 결손금의 전액을 그 폐지일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한다. 또한 당해 기간내에 합병 법인이 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 3분의 2 이상을 처분하거나 승계사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 및 승계받은 사업을 6월 이상 계속하여 휴업하거나 폐업하는 경우에는 당해 사유가 발생한 사업연도의 결손금의 전액을 익금에 산입한다.

	역합병의 이월결손금 공제 배제

일정한 요건을 갖추지 못한 합병으로서 조세를 부당하게 감소시키기 위한 목적의 합병이라고 인정되는 경우에는 합병법인의 이월결손금도 과세표준에서 공제를 배제한다.

	하나의 법인이 다른 법인의 주식발행총수 또는 출자총액의 20% 이상을 소유하거나 출자하고 있는 당해 법인간의 합병 또는 동일인이 2이상의 법인에 대하여 발행주식총수 또는 출자총액의 30% 이상을 각각 소유하거나 출자하고 있는 당해법인간의 합병이어야 함.

	결손금이 많은 기업 법인을 합병법인으로 하여야 함

	합병등기일 후 2년 이내에 합병법인의 상호를 피합병법인의 상호로 변경 등기하여야 함

	결손금처리계산서

	결손금소급공제세액환급신청서

3) 취득세 및 등록세

법인이 합병하는 경우에 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 자산에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세함에 있어 특례를 인정한다. 즉, 취득세는 지방세법에 의하여 비과세하며, 등록세는 조세특례제한법에 의하여 면제한다

	취득세,등록세감면신청서

	조세특례제한법(2004.7.26)

4) 영업권 등

법인이 합병을 하는 경우 합병법인이 승계한 자산가액이 피합병법인의 주주에게 교부한 합병대가에 미달하는 경우의 그 미달금액을 합병차손이라 하는데 이중 피합병법인의 상호.거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 영업권으로 계상을 인정하여 5년간 균등액을 상각한다.